اکبر هاشمی رفسنجانی خرداد ۹۴، حدود یک سال و نیم پیش از مرگش، گفته بود روحانیت هم در معرفی و حمایت از محمود احمدی‌نژاد مقصر است.
همان زمان بسیاری از تحلیل‌گران مصداق این سخنان را بیش از همه علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، ارزیابی کردند که زمانی گفته بود احمدی‌نژاد از رئیس جمهورهای دیگر به او نزدیک‌تر است.
کمتر از یک ماه پس از مرگ ناگهانی رفسنجانی، نایب رئیس مجلس شورای اسلامی، علی مطهری در گفت‌وگویی با پایگاه خبری جماران که متن آن سه‌شنبه (۱۲ بهمن / ۳۱ ژانویه) منتشر شد این ارزیابی را به صراحت تائید کرده و می‌گوید اختلاف نظر میان این دو از همین موضوع آغاز شد.
محکومیت نظامیان به اتهام تقلب
در انتخابات دوره نهم ریاست جمهوری، احمدی‌نژاد محور تبلیغات خود را حمله به رفسنجانی قرار داد که به زعم او نماد اشرافیت و فساد مالی بود.
مطهری درباره علت این رفتار می‌گوید، احمدی‌نژاد "خیلی زود فهمید که تمایل بخشی از نظام این است که آقای هاشمی به حاشیه رانده شود" و به همین دلیل او توانست از حمایت "نهادهای حکومتی" برخوردار شود.
مهدی کروبی، یکی از نامزدان این انتخابات، همان زمان در نامه‌ها و سخنرانی‌های خود مجتبی، فرزند علی خامنه‌ای، نیروهای سپاه پاسداران و بسیج و شورای نگهبان را متهم کرد که به سود احمدی‌نژاد در انتخابات تقلب کرده‌اند.
نایب رئیس مجلس گفته است: «[رفسنجانی] معتقد بود که انتخابات ۸۴ مهندسی شده و البته بعدا شکایت هم کرد و خود ایشان به من گفت که ۱۱۰ نفر از فرماندهان نظامی در دادگاه به خاطر دخالت در انتخابات محکوم شدند و ما دیدیم اگر بخواهد حکم اجرا شود خیلی برای نظام بد میشود و گذشتیم.»
اختلاف بر سر حمایت از احمدی‌نژاد
مطهری می‌افزاید: «در هر حال همان موقع هم ایشان معتقد بود که انتخابات سالم نبوده و در واقع اختلاف نظر آقای هاشمی با رهبری از همان موقع یعنی از ورود آقای احمدی‌نژاد شروع شد که رهبری آقای احمدی نژاد را کاملا قبول داشت و از آقای احمدی‌نژاد حمایت بسیار جدی کرد.»
ظاهرا خامنه‌ای از بحث‌هایی نظیر "خروج از حاکمیت" که در دوران ریاست جمهوری محمد خاتمی از سوی برخی اصلاح‌طلبان مطرح می‌شد ناخشنود بود و اعتقاد داشت در این دوره عده‌ای تلاش می‌کردند حاکمیت دوگانه درست کنند.
به باور برخی تحلیل‌گران او احمدی‌نژاد را برای پروژه یک‌دست کردن حاکمیت فرد مناسبی تشخیص می‌داد و آبان ماه ۸۹ درباره علت حمایت از او در دیدار با اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم گفته بود که احمدی‌نژاد "نسبت به رهبری اظهار اطاعت می‌کند" و "اگر رهبری چیزی بگوید رئیس جمهور می‌پذیرد و به آن عمل می‌کند".
نایب رئیس مجلس دهم خاطر نشان کرد که رفسنجانی از جانب احمدی‌نژاد و حامیانش "برای انقلاب احساس نگرانی و احساس خطر" می‌کرد و به همین دلیل پیش از انتخابات جنجال برانگیز سال ۸۸ نامه‌ای به خامنه‌ای نوشت که "یک اعلام خطر و هشدار" بود.
"فتنه" و هشدار رفسنجانی
رفسنجانی در این نامه ضمن انتقاد از تکرار اتهام‌ها به خود و برخی دیگر از مقام‌های ارشد حکومتی توسط احمدی‌نژاد، نسبت به اوج گرفتن اعتراض‌های مردمی هشدار داد و نوشت: «از جناب‌عالی با توجه به مقام و مسئولیت و شخصیت‌تان انتظار است برای حل این مشکل و برای رفع فتنه‌های خطرناک و خاموش کردن آتشی که هم اکنون دودش در فضا قابل مشاهده است، هرگونه که صلاح می‌دانید اقدام مؤثری بنمایید و مانع شعله‌ورتر شدن این آتش در جریان انتخابات و پس از آن شوید.»
این پیش‌بینی درست از آب درآمد و جمهوری اسلامی پس از انتخابات سال ۸۸ شاهد پردامنه‌ترین و شدیدترین جنبش اعتراضی تاریخ خود بود.
با این همه خامنه‌ای جنبش اعتراضی به نتایج اعلام شده انتخابات سال ۸۸ را "فتنه" خواند و حامیانش از آن زمان تا مرگ رفسنجانی او را به عنوان حامی فتنه مورد حمله قرار می‌دادند.
-
ایران پس از درگذشت خمینی؛ از مرگ سعید امامی تا ظهور احمدی‌نژاد
ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی
آغاز دوران رهبری علی خامنه‌ای با آغاز ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی همراه بود. هاشمی دو دوره، از ۱۲ مرداد ۶۸ تا ۱۲ مرداد ۷۶، رئیس‌جمهور بود. در این دوره که از آن به عنوان "دوران سازندگی" یاد میشود سیاست‌های باز اقتصادی در پیش گرفته شد. سرکوب و کشتار مخالفان سیاسی در داخل و خارج ایران در این زمان اشکال تازه‌ای به خود گرفت.
